Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил проект застройки зеленой зоны на набережной Юбилейного микрорайона, где будет возведен храм. Для этого был изменен генплан города, что стало причиной многочисленных протестов со стороны граждан. Копия документа, подписанного Наумовым, была опубликована активисткой Яной Антоновой и содержит информацию о строительстве собора Пресвятой Богородицы на территории, ранее предназначенной для парков и скверов.
С момента, когда власти начали говорить о строительстве храма в 2021 году, местные жители выражали свое несогласие, ссылаясь на положения предыдущего генплана. В августе 2024 года стало известно о подготовке участка под храм, а губернатор Кубани Вениамин Кондратьев подтвердил, что «храму быть». В конце сентября проект изменений в генплане был опубликован, и участок на набережной был отнесен к «зоне религиозного использования».
Несмотря на короткий срок для подачи замечаний (неделя вместо двух месяцев), жители обратились к президенту России Владимиру Путину с просьбой остановить изменения. Местные власти не согласовали митинг против строительства, предлагая протестовать в менее заметных местах. Противостояние с властями вылилось в репрессии: полиция задержала активистов, а Яна Антонова получила предостережение. В итоге новый генплан был принят депутатами городской думы, несмотря на давление со стороны властей и протесты граждан.
